교육과학기술부는 국립대학 재정운영의 자율성과 효율성, 투명성을 제고하기 위해 ‘국립대학 재정·회계법’ 제정을 추진 중이며 동 법(안)을 확정하기에 앞서 시안에 대한 국립대학 등의 폭 넓은 의견수렴을 실시한다고 밝혔다.
그간 국립대학의 재정운영에 대해서는 정부지원금의 경우 정부기관의 회계원칙이 엄격히 적용되어 중·장기적인 대학발전계획에 따른 재정운영이 어려울 뿐만 아니라 국고회계와 비국고회계인 기성회회계 등으로 분리되어 있고,
회계별 칸막이로 인해 재정운영의 효율성이 부족함은 물론 기성회비, 발전기금 등을 제외한 수업료, 수수료 등의 수입을 모두 국고에 납입하게 되어 있어 자체적인 재원확충을 위한 유인이 부족하였으며 국고회계, 기성회회계, 산학협력단회계 등 다양한 회계가 설치·운영되고 있음에도 불구하고 회계별로 회계연도가 다르고 합산재무제표가 공시되지 않아 연간 예산 규모가 종합적으로 파악되지 않는 등 재정운영의 투명성이 미약하다는 등의 문제점이 지속적으로 제기되어 왔다.
